El Dr. Juan Carlos Oñate se tituló de Médico Cirujano en la Universidad de Chile en Enero de 1997. Cursó posteriormente una Beca Universitaria Mixta en la Universidad de Chile, formación que duró 5 años, completando una Especialización en Anatomía Humana Normal y la beca de Cirugía General en el Hospital Clínico de la Universidad de Chile. Posteriormente el año 2002 ingresa al Servicio Médico Legal, lugar al que se había acercado años antes como alumno de Anatomía, y comenzó a realizar pericias en el Departamento de Tanatología, en la actualidad es Médico Tanatólogo, con especialización en Medicina Legal.

Se desempeña como perito del Servicio Médico Legal hasta la actualidad, participando activamente en docencia de pre grado en Anatomía Humana Normal, con vasta trayectoria en diferentes casas de Estudio (Universidad de Chile, Universidad de Santiago, Universidad Diego Portales, Universidad Andrés Bello, entre otras), también es profesor encargado de la asignatura de Medicina Legal en la Universidad Diego Portales, Universidad Andrés Bello y docente de la asignatura en la Universidad Católica de Chile.
En post grado ha sido docente en Cursos de Cirugía Plástica (Universidad de Chile), docente encargado de actividades prácticas de disección Anatómica en Especialidad de Cirugía Infantil (Universidad de Santiago) y Máxilo Facial (Universidad Mayor), participando además activamente en Congresos y cursos de las Especialidades en las que se formó.

Ha sido pionero en la formación Anatómica y Quirúrgica de varias generaciones de Médicos, que han asistido a sus disecciones topográficas, realizadas con la habilidad adquirida a lo largo de los años y siempre enfocado en los aspectos clínicos de la disciplina.